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更新時(shí)間：2018-08-16
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朱永烽(先生) 商務(wù)經(jīng)理
BioNumerics軟件功能介紹
BioNumerics是集電泳數(shù)據(jù)、色譜數(shù)據(jù)、光譜數(shù)據(jù)、表型特征數(shù)據(jù)、基因芯片、基因組序列、氨基酸序列等多種生物信息數(shù)據(jù)格式存儲(chǔ)和處理分析的軟件平臺(tái)，網(wǎng)頁(yè)鏈接包括數(shù)據(jù)存儲(chǔ)、數(shù)據(jù)分析和數(shù)據(jù)分享三大功能。優(yōu)化整合不同基因組與表型來(lái)源的數(shù)據(jù)，方便用戶進(jìn)行數(shù)據(jù)分析管理并進(jìn)行回歸分析。引進(jìn)業(yè)界的數(shù)據(jù)庫(kù)引擎Oracle 和 Microsoft SQL Server，為大數(shù)據(jù)管理分析提供了前提。
BioNumerics各功能模塊介紹
一、指紋模塊（Fingerprint type module）
支持任意格式的光密度數(shù)據(jù)如凝膠電泳、毛細(xì)管電泳、氣象色譜、液相色譜、光密度曲線、MALDI、SELDI的分析處理。同時(shí)BN提供了一系列基于電泳功能的分析插件，方便用戶對(duì)可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列（VNTR）、
多位點(diǎn)串聯(lián)重復(fù)序列分析（MLVA）、
基于CECE的異源雙鏈分析（HAD）、金黃色葡萄球菌A蛋白分型（spa-typing）、AFLP標(biāo)記輔助育種（AFLP-ba
二、特征數(shù)據(jù)模塊（Character Data module）
用戶可以自定義各種類(lèi)型（二進(jìn)制或連續(xù)型）的特征數(shù)據(jù)，包括生化以及形態(tài)學(xué)特征數(shù)據(jù)、酶動(dòng)力學(xué)測(cè)試數(shù)據(jù)、抗生素抗性分析、脂肪酸甲酯以及基因芯片中的各個(gè)基因表達(dá)量數(shù)據(jù)等。根據(jù)實(shí)驗(yàn)情況用戶可以從一到成千上萬(wàn)個(gè)特征數(shù)據(jù)的自定義且特征數(shù)據(jù)容量的大小不受限制(O網(wǎng)頁(yè)鏈接。同時(shí)特征數(shù)據(jù)模塊也被用來(lái)存儲(chǔ)其它實(shí)驗(yàn)分析過(guò)程中的數(shù)據(jù)結(jié)果，例如在MLVA分析中存儲(chǔ)可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列的個(gè)數(shù)；MLST中的等位基因數(shù)目；抗生素抗性以及HIV抗藥性分析中的抗性數(shù)據(jù)等。
三、序列數(shù)據(jù)模塊（Sequence Data module）
用戶可以導(dǎo)入核酸和氨基酸序列，分析經(jīng)典的Sanger測(cè)序數(shù)據(jù)和第二代測(cè)序數(shù)據(jù)（NGS），另外該功能模塊可以識(shí)別.embl, .gb, .fasta等格式的數(shù)據(jù)，可自動(dòng)識(shí)別并儲(chǔ)存序列文件中的物種來(lái)源等信息。可為用戶提供多序列比對(duì)、進(jìn)化樹(shù)分析、染色體序列比對(duì)分析、序列信息注釋、SNP分析、PCR引物設(shè)計(jì)、限制性內(nèi)切酶酶切位點(diǎn)分析、開(kāi)放閱讀框自動(dòng)查找等功能。另外用戶能夠根據(jù)自己的需求設(shè)定特定的分析參數(shù)，以達(dá)到不同的實(shí)驗(yàn)?zāi)康摹?
四、趨勢(shì)類(lèi)型數(shù)據(jù)模塊（Trend Data module）
包括酶動(dòng)力學(xué)研究、Real time-PCR、生長(zhǎng)曲線分析數(shù)據(jù)等都屬于趨勢(shì)類(lèi)型數(shù)據(jù)，BioNumerics內(nèi)置了大量的數(shù)據(jù)曲線擬合模型，用戶可根據(jù)實(shí)際需求選取相關(guān)模型，并設(shè)置相關(guān)參數(shù)，軟件讀取實(shí)驗(yàn)結(jié)果，對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類(lèi)、鑒定和統(tǒng)計(jì)分析。
五、全基因組圖譜分析數(shù)據(jù)模塊（Whole genome map data module）
全基因組圖譜分析可以產(chǎn)生200-500個(gè)限制性酶切片段，且此技術(shù)不依賴于PCR以及序列信息，(O網(wǎng)頁(yè)鏈接因此相較于PFGE產(chǎn)生的20個(gè)左右的條帶可以提供細(xì)菌基因組結(jié)構(gòu)上變化的信息，所以其可以識(shí)別同一爆發(fā)中相近親緣關(guān)系非常近的菌株。
BioNumerics中的全基因組圖譜分析模塊提供了大量可配置的可視化選項(xiàng)可使用戶快速定位插入缺失以及重復(fù)片段，且可以進(jìn)行自定義標(biāo)簽設(shè)置。
同時(shí)BioNumerics內(nèi)置的聚類(lèi)分析算法可快速分辨出親緣關(guān)系相近的分離株；通過(guò)內(nèi)置的比對(duì)算法可以著重顯示反轉(zhuǎn)、缺失等突變信息，配合BioNumerics內(nèi)置的分析工具用戶可以進(jìn)行PCA、矩陣數(shù)據(jù)挖掘等分析。另外，BioNumerics內(nèi)置的多態(tài)性分析工具可快速的找出一組分離株內(nèi)的特異性片段。
六、樹(shù)狀分析和網(wǎng)絡(luò)推理模塊（Tree and Network Inference module）
聚類(lèi)分析不同于鑒定識(shí)別，是一種非監(jiān)督式學(xué)習(xí)分析，同時(shí)也是生物信息學(xué)分析中不可替代的一種分析工具。網(wǎng)頁(yè)鏈接通過(guò)把關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)中的各種記錄之間，各種實(shí)驗(yàn)之間，用多種有效的聚類(lèi)算法實(shí)現(xiàn)多種聚類(lèi)分析。
七、分類(lèi)鑒定模塊（Classifiers and Identification module）
鑒定識(shí)別又叫監(jiān)督式學(xué)習(xí)或分類(lèi)是生物信息學(xué)中重要的一種信息分析手段。BioNumerics在基于大量實(shí)驗(yàn)信息數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上分析鑒定未知物種，提高了數(shù)據(jù)結(jié)果的可靠性與一致性，加入貝葉斯分類(lèi)（Naive Bayesian Classifiers, NBC），支持向量機(jī)（Support Vector Machines, SVM）等算法。同時(shí)在聚類(lèi)分析中，BN為用戶提供了相同范圍的相似性系數(shù)和距離系數(shù)。
八、數(shù)據(jù)挖掘模塊（Dimensio
此模塊為用戶提供高維分析交互視圖，用戶可以直接在視圖上選擇，添加或刪除條目，將其它數(shù)據(jù)庫(kù)字段信息顯示為顏色或標(biāo)簽，差異特征關(guān)聯(lián)等。其它還包括方差分析、網(wǎng)頁(yè)鏈接多維尺度分析(Multi-Dimensio
九、基因組分析工具模塊（Genome Analysis Tools module）
基因組分析工具模塊提供基因組和染色體比對(duì)分析、基因注釋、wgMLST、wgSNP分析等功能。
由于wgMLST分析流程是基于全基因組數(shù)據(jù)，配合BioNumerics的表型分析插件，用戶還同時(shí)可以獲取分離菌的血清型、病毒性和耐藥性等數(shù)據(jù)。
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