鼠疫桿菌（YP）核酸檢測試劑盒說明書
技術原理：
DNA的半保留復制是生物進化和傳代的重要途徑。雙鏈DNA在多種酶的作用下可以變性解鏈成單鏈，在DNA聚合酶與啟動子的參與下，根據堿基互補配對原則復制成同樣的兩分子挎貝。
在聚合酶鏈式反應實驗中發現，DNA在高溫時也可以發生變性解鏈，當溫度降低后又可以復性成為雙鏈。因此，通過溫度變化控制DNA的變性和復性，并設計引物做啟動子，加入DNA聚合酶、dNTP就可以完成特定基因的體外復制。（ DNA高溫變性低溫復性）
發現耐熱DNA聚合同酶--Taq酶對于PCR的應用有里程碑的意義，該酶可以耐受90℃以上的高溫而不失活，不需要每個循環加酶，使PCR技術變得非常簡捷、同時也大大降低了成本，PCR技術得以大量應用，并逐步應用于臨床。
特點優勢：
1.特異性：所有產品使用的引物均經過詳盡的生物信息學分析，經過GenBank及自建龐大數據庫的比對，確保所用的每一條引物均為種屬或血清型特異的基因序列區段，可實現對細菌種屬及血清型的特異檢測，特異性均達到。
2. 重現性：該系列所有產品均經過大量實驗菌株的驗證，重現性為。
3. 靈敏性：該系列產品可實現對檢測菌的高靈敏檢測，當樣品中細菌的濃度達到103cfu/ml時，可實現對其的直接檢測，無需繁瑣的增菌過程。
4. 實用性：檢測范圍廣，涵蓋了對人體危害較為嚴重的17種呼吸道及腸道致病菌，可實現對臨床樣品及其他環境取樣的快速檢測，整個檢測過程為3-4個小時。
5. 優勢1：序列資源豐富，除GenBank公布的序列外，公司還進行了大量菌株的序列破譯，從理論上保證所選引物具有良好的保守性和特異性。
6. 優勢2：該系列試劑盒均經過大量的保守性及特異性實驗驗證，憑借公司擁有的豐富的菌種資源，每一種檢測試劑盒均經過了20余種標準菌株和臨床菌株的保守性驗證及40余種近緣標準菌株和臨床菌株的特異性驗證，確保在使用過程中不會出現任何的假陽性及假陰性報告結果。
需要自備的器材：
1．方法儀器：分析天平、離心機、熒光 PCR 擴增儀、組織研磨器、-20 ℃冰箱、可調移液器（2 μL、20
μL、200 μL、1000 μL）。
2．耗材：熒光 PCR 專用反應管、眼科剪、眼科鑷、生理鹽水、1.5 mL 經焦碳酸二乙酯（DEPC）水
處理的滅菌離心管、吸頭（10 μL、200 μL、1000 μL）、滅菌雙蒸水。
樣本采集、存放及運輸：
1、樣本采集：各類型樣本按照常規方法采集；
2、存放：樣本在2~8℃條件下保存應不超過72h，-70℃以下可長期保存，但應避免反復凍融（zui多凍融3次）；
3、運輸：采用泡沫箱加冰密封進行運輸。
組成及試劑配制:
1、酶標板：一塊（96孔）
2、 標準品（凍干品）： 2瓶，請臨用前15分鐘內配制。每瓶以樣品稀釋液稀釋至0.5ml，蓋好后室溫靜置大約10分鐘，同時反復顛倒/搓動以助溶解，其濃度為200 U/L，然后做系列倍比稀釋（注：不要直接在板中進行倍比稀釋），分別配制成200 U/L，100 U/L，50 U/L，25 U/L，12.5 U/L，6.25 U/L，3.12 U/L，樣品稀釋液直接作為空白孔 0 U/L。如配制100 U/L標準品：取0.3ml （不要少于0.3ml ）200 U/L的上述標準品加入含有0.3ml樣品稀釋液的Eppendorf管中，混勻即可，其余濃度以此類推。
3、 樣品稀釋液：1×20ml。
4、 檢測稀釋液A：1×10ml。
5、 檢測稀釋液B：1×10ml。
反應五要素：
參加PCR反應的物質主要有五種即引物、酶、dNTP、模板和Mg2+
引物：引物是PCR特異性反應的關鍵，PCR 產物的特異性取決于引物與模板DNA互補的程度。理論上，只要知道任何一段模板DNA序列， 就能按其設計互補的寡核苷酸鏈做引物，利用PCR就可將模板DNA在體外大量擴增。設計引物應遵循以下原則：
①引物長度： 15-30bp，常用為20bp左右。
②引物擴增跨度： 以200-500bp為宜，特定條件下可擴增長至10kb的片段。
③引物堿基：G+C含量以40-60%為宜，G+C太少擴增效果不佳，G+C過多易出現非特異條帶。ATGC*隨機分布，避免5個以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。
④避免引物內部出現二級結構，避免兩條引物間互補，特別是3'端的互補，否則會形成引物二聚體，產生非特異的擴增條帶。
⑤引物3'端的堿基，特別是末及倒數第二個堿基，應嚴格要求配對，以避免因末端堿基不配對而導致PCR失敗。
⑥引物中有或能加上合適的酶切位點， 被擴增的靶序列*有適宜的酶切位點， 這對酶切分析或分子克隆很有好處。
⑦引物的特異性：引物應與核酸序列數據庫的其它序列無明顯同源性。
引物量：每條引物的濃度0.1～1umol或10～100pmol，以*引物量產生所需要的結果為好，引物濃度偏高會引起錯配和非特異性擴增，且可增加引物之間形成二聚體的機會。PCR實驗步驟：
①產品僅用于科研取凍存已裂解的細胞，室溫放置5分鐘使其完全溶解。
②兩相分離 每1ml的TRIZOL試劑裂解的樣品中加入0.2ml的lvfang，蓋緊管蓋。手動劇烈振蕩管體15秒后，15到30℃孵育2到3分鐘。4℃下12000rpm離心15分鐘。離心后混合液體將分為下層的紅色酚lvfang相，中間層以及無色水相上層。RNA全部被分配于水相中。水相上層的體積大約是勻漿時加入的TRIZOL試劑的60%。
③RNA沉淀 將水相上層轉移到一干凈無RNA酶的離心管中。加等體積異丙醇混合以沉淀其中的RNA，混勻后15到30℃孵育10分鐘后，于4℃下12000rpm 離心10分鐘。此時離心前不可見的RNA沉淀將在管底部和側壁上形成膠狀沉淀塊。
④RNA清洗 移去上清液，每1mlTRIZOL試劑裂解的樣品中加入至少1ml的75%乙醇(75%乙醇用DEPCH2O配制)，清洗RNA沉淀。混勻后，4℃下7000rpm離心5分鐘。
⑤RNA干燥 小心吸去大部分乙醇溶液，使RNA沉淀在室溫空氣中干燥5-10分鐘。
⑥溶解RNA沉淀 溶解RNA時，先加入無RNA酶的水40μl用槍反復吹打幾次，使其完全溶解，獲得的RNA溶液保存于-80℃待用。 1)紫外吸收法測定先用稀釋用的TE溶液將分光光度計調零。然后取少量RNA溶液用TE稀釋(1:100)后，讀取其在分光光度計260nm和280nm處的吸收值，測定RNA溶液 濃度和純度。
PCR反應的特異性決定因素為
1.引物與模板DNA特異正確的結合。
2.堿基配對原則。
3. Tag DNA聚合酶合成反應的忠實性。
4.靶基因的特異性與保守性。
其中引物與模板的正確結合是關鍵。引物與模板的結合及引物鏈的延伸是遵循堿基配對原則的。聚合酶合成反應的忠實性及 Tag DNA聚合醇耐高溫性,使反應中模板與引物的結合(復性)可以在較高的溫度下進行,結合的特異性大大増加加,被擴増的靶基因片段也就能保持很高的正確度。再通過選擇特異性和保守性高的靶基因區,其特異性程度就高。
靈敏度高
PCR產物的生成量是以指數方式増加的,能將皮克(pg=10-129)量級的起始待測模板擴増到微克(ug=10-69)水平。能從100萬個細胞中檢出一個靶細胞;在病毒的檢測中,PCR的靈敏度可達3個RFU(空斑形成單位);在細菌學中zu小檢出率為3個細菌。
(3)簡便、快速
PCR反應用耐高溫的 Tag DNA聚合酶,一次性地將反應液加好后,即在DNA擴増液和水浴鍋上進行變性退火-延伸反應,一般在2-4小時完成擴増反應。擴増產物一般用電泳分析,不一定要用同位素,無放射性污染、易推廣。
(4)對標本的純度要求低
不需要分離病毒或細菌及培養細胞,DNA粗制品及總RNA均可作為擴増模板。可直接用臨床標本如血液、體腔液、洗嗽液、毛發、細胞、活PCR技術概論。
注意事項：
1、使用本試劑前請仔細閱讀本說明書全文。
2 、操作時應盡量少說話，因口腔中也含有支原體，可能引起樣品污染，而造成假陽性；整個檢測過程中，反應體系的配制、樣本處理及加樣、PCR擴增應分區域進行，以避免交叉污染。
3 、實驗時，試劑盒組分中的試劑使用前應充分融化并混勻（混勻時禁止激烈振蕩，只需要進行上下倒置多次進行混勻）。
4、 反應管中加好所有的試劑后，應盡快上PCR儀進行擴增，以免形成過多的二聚體。
5、細胞培養物中含有青霉素和鏈霉素等抗生物素不會影響本品的檢測結果。如果用戶需要進一步提高檢測。
