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[新品]換個思路，高通量提取核酸
發(fā)布時間：2018-09-13瀏覽次數(shù)：1451返回列表
核酸純化，幾乎是每個實驗室都離不開的工作。如今，隨著克隆和測序等各項技術(shù)的進步，核酸純化的規(guī)模越來越小，但樣品卻越來越多。市場上雖有多種All-in-One的試劑盒可供選擇，但在方便的同時，也增加了成本。如果樣品量大，這筆賬還是需要算一算的。其實，我們不妨換個思路。
質(zhì)粒DNA提取
以質(zhì)粒DNA為例，利用硅膠柱來提取是常規(guī)的思路。不過，在邁向高通量的進程中，這種方式遇到了一點小問題，不容易自動化。你想，現(xiàn)在連汽車都無人駕駛了，還要勞駕我們的科學(xué)家去手動處理96個樣品？其實，利用多功能的濾板，人們已經(jīng)開發(fā)出簡化的質(zhì)粒提取方案，可實現(xiàn)半自動和全自動的操作。
也許你沒有想過，當(dāng)提取通量大大上升之后，過去的那些經(jīng)驗已經(jīng)不適用了。比如，在去除細(xì)胞碎片時，離心曾經(jīng)是xuan方法。然而，當(dāng)樣品從1個變?yōu)?00個，離心法會引發(fā)許多問題。先，在多孔板中沉淀細(xì)胞碎片和回收上清十分困難。其次，離心時間長，需要特殊的離心機或轉(zhuǎn)子。不過，zui嚴(yán)重的問題是絮狀沉淀可能抓住了大量的質(zhì)粒DNA。
這時，利用真空過濾對裂解液進行澄清，是一種更加快速而的選擇。Pall公司的AcroPrep Advance裂解液澄清濾板的孔徑較大，能夠?qū)写笪⒘５臉悠愤M行一致的過濾，并防止堵塞。此外，濾板采用的幾何結(jié)構(gòu)，滯留量更少，過濾速度更快。它可以實現(xiàn)DNA的完全回收，而不用擔(dān)心樣本損失。一旦澄清，樣品可立即用于質(zhì)粒純化。
在裂解細(xì)胞后，下一步就是DNA結(jié)合了。基于硅膠的介質(zhì)和玻璃纖維膜已成為標(biāo)配。離液鹽促進了DNA與介質(zhì)相結(jié)合，方便后續(xù)的雜質(zhì)洗滌，以及用中性溶液洗脫DNA。此時，可以選擇帶有硅膠介質(zhì)的濾板，通過真空過濾或離心輕松處理多個樣品，產(chǎn)生所需量的質(zhì)粒DNA。
目前市場上有許多種玻璃纖維過濾板，但它們的表現(xiàn)不盡相同。對于研究人員而言，DNA產(chǎn)量當(dāng)然是越高越好，特別是在處理珍貴樣品時。用于DNA提純的AcroPrep Advance濾板，就是為了DNA結(jié)合而優(yōu)化的。它具有強吸附能力，與同類產(chǎn)品相比，至少能多結(jié)合50%的DNA。
從1 mL（Pall和競爭公司M）或1.5 mL（競爭公司W(wǎng)）隔夜培養(yǎng)的DH5α開始，使用的DNA提純?yōu)V板，并測定pCAT質(zhì)粒的產(chǎn)量（OD260）。提純過程按照濾板廠商的標(biāo)準(zhǔn)操作。誤差線表明標(biāo)準(zhǔn)誤差（n ≥ 6）。
AcroPrep Advance濾板不僅產(chǎn)量高，而且質(zhì)量好。實驗證明，純化所得的質(zhì)粒DNA的OD260/280比值達(dá)到1.97，適合測序和克隆等苛刻的下游應(yīng)用。此外，這種濾板還采用的出口幾何結(jié)構(gòu)，讓樣品直接流到接受盤，而無需擔(dān)心交叉污染。
至于質(zhì)粒DNA的洗脫，你可以選擇真空過濾或離心的方式。根據(jù)實驗數(shù)據(jù)，離心后的濃度和體積都略高于真空過濾。不過，如果你希望將質(zhì)粒DNA提取的整個過程自動化，可以選擇真空操作，將一切都交給帶有真空過濾的液體處理系統(tǒng)。
基因組提取
對于血站和醫(yī)院來說，處理大量血液樣本更是家常便飯。血液作為臨床多種疾病檢測的理想標(biāo)本，其基因組DNA提取對癌癥、炎癥、傳染病等檢測有著十分重要的影響。傳統(tǒng)的提取方法費時費力，而且效果不大穩(wěn)定，而商業(yè)化試劑盒雖然效guo好，但費用也高。
這時，不妨換個思路，試試單獨的DNA結(jié)合濾板，再加上各個公司的緩沖液。據(jù)Pall公司的科學(xué)家介紹，與完整的試劑盒相比，這種方案能夠節(jié)省50%的費用，同時也為提取過程增添了靈活性。你可以根據(jù)特定的需求來選擇特定的產(chǎn)品。
Pall的科學(xué)家曾借助Eppendorf的epMotion液體處理系統(tǒng)，利用AcroPrep Advance DNA結(jié)合濾板和QIAGEN的緩沖液從全血中提取gDNA，以確定這種方法的重復(fù)性和一致性。結(jié)果表明，六塊Pall濾板的DNA回收率在71-86%，說明純化過程的重復(fù)性良好。DNA純度也相當(dāng)高，六塊濾板的OD260/280比值在1.73-1.83。
這些結(jié)果表明，AcroPrep Advance DNA結(jié)合濾板可與商業(yè)化的緩沖液結(jié)合使用，帶來優(yōu)質(zhì)而輕松的基因組DNA提取。與商業(yè)化的試劑盒相比，這種方法可大大節(jié)省實驗的成本，同時又不犧牲DNA的產(chǎn)量、純度或質(zhì)量。
